L'Aiab nasce nel 1982 come "Commissione nazionale cos'è biologico", con l'adesione dei movimenti dei consumatori, dei coordinamenti regionali e delle organizzazioni dei produttori. L'associazione, che si trasforma in Aiab nel 1988, presenta le prime "Norme italiane di agricoltura biologica".

Nel 1990 Aiab fonda la rivista "Bioagricultura", il più diffuso periodico nazionale nel settore. Nello stesso anno organizza a Vignola la prima convention dei soci dell'lnternational federation of organic agriculture movements (IFOAM)dell'area mediterranea, che dà vita ad Agri bio Mediterraneo (regione Ifoam) e assume il coordinamento dei soci Ifoam italiani. Nel mese di maggio presenta i disciplinari per la produzione biologica dell'olio extra vergine d'oliva e per la trasformazione dei prodotti vegetali.

Nel 1992 viene riconosciuta dal Ministero per l'Agricoltura come organismo nazionale di controllo delle produzioni biologiche ai sensi del regolamento Cee n.2092/91. Presenta l'aggiornamento del disciplinare per la produzione biologica di vegetali, di piante aromatiche e medicinali, dei funghi, per la certificazione dei prodotti spontanei, per le produzioni zootecniche e I'apicoltura. Adotta anche i disciplinari per la trasformazione dei cereali e per la vinificazione.
Nel giugno del 1993 presenta il disciplinare per la produzione biologica di latte e derivati. l soci sono 1.242.

Nel 1994 Aiab avvia un'intensa attività di formazione, aumentando le collaborazioni con Enti, Istituti scolastici, di ricerca e sperimentazione. Parte l'attività sistematica di formazione e aggiornamento per i tecnici. l soci sono 2.268.

Ne1 1995, assieme alle altre maggiori organizzazioni ecologiste, alle Ong e all'associazionismo culturale, è promotrice della Banca Etica. l soci sono 3.148. Ottiene l’accreditamento IFOAM del sistema di certificazione contrassegnato dal marchio “Garanzia AIAB”.

Nel 1996 il Ministero per le Politiche Agroalimentari rinnova il riconoscimento come organismo nazionale di controllo. Nel mese di giugno Aiab aggiorna il disciplinare per la produzione biologica dei vegetali e adotta nuovi disciplinari per la produzione di aceti e liquirizia. Il numero dei soci raddoppia, passando a 6.325.

Nel 1997, con il contributo dell'Unione europea e della Regione Lazio, Aiab avvia il Centro ecologico di dimostrazione agraria. Compiti del Ceda sono la formazione, la sperimentazione e la dimostrazione agraria, la collaborazione con università, istituti di ricerca, enti parco, centri di formazione e il supporto ad attività di ricerca multidisciplinare. Pubblica il compendio delle normative europee e nazionali per l'agricoltura biologica; attiva il sito internet. l soci sono 9.644.

Nel 1998 Aiab è il primo organismo nazionale di controllo delle produzioni biologiche a ottenere I'accreditamento del Sincert in base alla norma UNI EN 45011. Viene inoltre riconosciuta come organismo di certificazione del settore dei prodotti tipici (Dop). Aggiorna il disciplinare per I'enologia. Alla fine dell'anno ottiene I'accreditamento da parte dell'lfoam. l soci sono 11.103.

Nel 1999 organizza a Vignola la conferenza internazionale Ifoam/lucn/Aiab sulla biodiversità e a Firenze la sesta conferenza internazionale "Ifoam Trade conference". Avvia il percorso per la separazione tra organismo di controllo e associazione culturale e intensifica l'attività editoriale. Presenta i disciplinari per I'agriturismo eco-compatibile e avvia la certificazione del settore. In collaborazione con Centrocot, presenta il disciplinare per il tessile biologico. l soci sono 12.266 (11.353 aziende agricole, 913 di trasformazione e commercializzazione ).

Nel 2000 si concretizza la separazione tra organismo di controllo e associazione; si intensifica l'attività convegnistica, anche con l'organizzazione di seminari internazionali UE e conferenze in Emilia e Toscana. Aumenta l'attività nel settore della ricerca e sperimentazione (V programma quadro ), della divulgazione (programmi Leader e obiettivi V b) e della formazione (programmi Leonardo) Aggiorna i disciplinari per la zootecnia biologica e per la produzione di olio extra vergine d'oliva. Avvia la certificazione delle fibre tessili. Organizza per l'autunno la prima giornata nazionale del biologico, la Biodomenica.

Nel 2001 si separano anche logisticamente le strutture deputate al controllo e
certificazione da quelle deputate all'attività associativa. Per l'attività di certificazione la
sede nazionale è a Bologna e l'attività si svolge su 16 sedi regionali; per l'attività
associativa la sede federale è a Roma e le sedi regionali sono 13. I soci sono 14.300.
Avendo separato le attività l'associazione amplia la gamma di servizi verso i soci
(sportello informativo, agevolazione alla commercializzazione, assistenza tecnica,
campagne promozionali, attività editoriali) e l'attività di sperimentazione e ricerca (vedi
sotto specifiche), nonché l'impegno in ambito politico (2 componenti presso il Comitato per
l'Agricoltura Biologica e Sostenibile istituito dal MIPAF; un componente all'IFOAM World
Board; 1 componente all'IFOAM Standard Committee). Assieme all'Azienda Romana
Mercati istituisce l'Osservatorio sui Prezzi dei prodotti Biologici (www.prezzibio.it).

Nel 2002 viene riconosciuta dal Ministero delle Politiche Agricole e Forestali la
separazione tra l'organismo di certificazione e l'associazione: il sistema di controllo viene
ora gestito dall'Istituto di Certificazione Etica ed Ambientale (ICEA) costituito da AIAB,
Banca Etica, l'Associazione Consumatori e Utenti (ACU), Associazione Nazionale
Bioarchitettura (ANAB), Demeter. L'AIAB, associazione politico-culturale conta ora su 16
sedi regionali (alle precedenti si aggiungono Campania, Piemonte e Friuli Venezia Giulia).
Le campagne divulgative si ampliano e oltre alla Biodomenica (che è diventata Europea
ed ha visto la partecipazione di 110 piazze) parte la "Primavera Biologica" (aziende bio
aperte) per la quale si predispongono e stampano materiali didattici su ambiente,
agricoltura e alimentazione assieme a ENEA. Continua l'attività progettuale su
sperimentazione, divulgazione e formazione. Continua la stesura e l'aggiornamento dei
disciplinari volontari che sottendono il rilascio del marchio "Garanzia AIAB". I disciplinari
coprono ora anche l'acquacoltura, la ristorazione collettiva e i punti vendita. Diviene
socio e partecipa ai lavori di Forest Stewardship Council Italia (forestazione sostenibile)
e del Consorzio Arianna (produzione ecologica del tessile) I soci sono 15.000.

Nel 2003 istituisce assieme a Legambiente e Federparchi l'Osservatorio Nazionale sui
Parchi e le Aree Protette (sede a Torino). Istituisce l'Osservatorio per la Ristorazione
Collettiva (sede a Grugliasco) e lancia l’Associazione "Città del Bio".